脑炎治疗后有可能会遗留有后遗症。在临床当中，脑炎的病因包括细菌性脑炎、病毒性脑炎、真菌性脑炎、结核性脑炎等。例如病毒性脑炎发病后患者的症状较轻，如果早期治疗后，患者将来的转归较好，不会遗留有后遗症。如果患者发现得较晚、病情较重、治疗不及时，有可能会遗留有不同程度的后遗症。
首先，可能会出现颅神经功能受损，表现为视力下降、听力下降等。
其次，还有可能会引起智能功能障碍，病情严重的患者肢体的运动和感觉功能会受损。