牙齿色素沉淀主要原因有外源性着色和内源性着色两个方面。
对于外源性着色，主要是长期吃重色素的食物，比如喝浓茶、吸烟、长期喝可乐等，都会导致色素沉淀在牙齿表面，尤其是对于釉质发育不良的，色素沉积会更加明显。对于外源性牙齿着色，可以去医院口腔科进行洗牙加喷砂治疗，并要在平时注意口腔卫生清洁，食用色素较重的食物以后要及时地刷牙漱口。
其次，牙齿色素沉淀还有可能是内源性牙齿着色，比如氟斑牙、四环素牙等，这和牙齿发育期间牙釉质发育障碍有关。