囊虫病的后遗症情况，与绦虫幼体寄生位置、寄生数量以及治疗规范程度有关。
囊虫病常见的寄生位置多见于软组织，其中以皮下、肌肉中、眼球、颅内等位置多见。如果病变位置于皮下或肌肉当中，同时寄生数量较少，则通过治疗一般不会留有明显后遗症情况。
如果寄生位置在于眼球当中，则通过治疗，可能会留有视野缺损等后遗症。如果寄生位置在颅内，同时位于相对重要脑功能区域，则可遗留癫痫、意识障碍等神经系统损伤后遗症。