舌咽神经痛的预防措施主要有改变不良的生活习惯，并定期进行体检。
在日常生活中，应尽量避免对咽后壁、扁桃体、舌根处、外耳道的刺激，以免引发舌咽神经痛。同时还应养成良好的生活习惯，保证均衡营养，心情愉悦，学会释放压力，戒烟、戒酒，适当增加体育锻炼，提高身体抵抗能力，有助于预防舌咽神经痛的发生。
舌咽神经痛一旦发生后，应及早进行药物治疗或者手术治疗，药物治疗可以减少舌咽神经痛的发作次数，如果药物治疗无效，可以选择进行手术治疗。