导致输精管堵塞，最常见的原因是感染。生殖系统的感染是导致输精管堵塞的最常见原因，炎症的首发部位可能在睾丸、附睾、精囊或前列腺。
大部分的生殖道感染是逆行感染，所以生殖道感染都可能合并尿路感染。在所有感染类型当中，淋球菌感染最容易导致输精管感染堵塞。结核杆菌感染导致的输精管结核，也会导致输精管堵塞。
除了感染以外，在临床上也能遇到精囊部位的结石、肿瘤等，导致输精管压迫堵塞的病例。医源性输精管损伤，也可以导致输精管堵塞，比如腹股沟疝修补术，术中损伤输精管等。