虹膜囊肿有可能会复发。在临床上，大部分虹膜囊肿的发生与外伤性因素相关，在外伤的修复期虹膜周边组织不断增生，形成本病。
而在治疗方面，大的虹膜囊肿一般以手术切除为主。如果虹膜囊肿在切除时未彻底切净，或者虹膜周边角膜结膜上皮，在虹膜面不断增殖，都有可能导致虹膜囊肿再次增生，出现复发的情况。或者虹膜囊肿的某些致病因素持续性存在，例如眼内炎症不断渗出，也可能引起本病复发。
因此，在治疗时需尽量将囊肿以及虹膜周边病灶切除干净。