当患有了眼结石时，如果患者没有明显的异物感，其对眼表没有明显的摩擦感，一般情况下就不需要治疗。
如果患者出现了这样的异物感，就可以在裂隙灯下，用针头将结石挑出来，并辅助使用一些抗生素的眼药膏。结石挑出来以后，患者的症状就会明显减轻。如果眼结石是由反复的慢性结膜炎导致的，就需要及时治疗结膜炎，可以使用一些抗生素的眼药水或者眼药膏，来控制炎症，尽可能地使结膜炎治愈，当结膜炎消失后，眼睛一般也不会再出现结石了。
如果结石突出于结膜表面，磨损结膜上皮或引起角膜上皮擦伤时，就需要及时进行治疗。