引起患者龟头上有小疙瘩的原因有多种，常见的原因有包皮龟头炎、尖锐湿疣、生殖器疱疹等。
1.包皮龟头炎。包皮龟头炎患者一般包皮过长会使包皮垢堆积，损害龟头包皮黏膜，加重各种病原菌的感染，从而造成龟头上有小疙瘩，通常小疙瘩为红色。
2.尖锐湿疣。若男性患者患有尖锐湿疣，则也会出现龟头上有小疙瘩，一般为散在或呈簇状增生的粉色或白色小乳头状疣。
3.生殖器疱疹。如果男性患者存在生殖器疱疹的问题，则也会出现龟头上有小疙瘩，通常这些疙瘩为簇集性水疱，患者还可能会出现皮肤溃疡、灼痛瘙痒等症状。