藿香正气水和蒲地蓝药物的主要区别有以下几个方面：
1.药物的处方成分不同。藿香正气水是由苍术、茯苓、白芷、陈皮、半生夏、大腹皮，及广藿香油、甘草浸膏，并添加乙醇为溶媒组方而成的一种中药制剂。蒲地蓝药物的组方成分，相对要较简单一些，其中主要有黄芩、蒲公英、板蓝根和苦地丁组成。
2.功效与作用不同。藿香正气水为祛暑剂，有解表化湿作用，兼具理气和中功效，主治风寒感冒、夏伤暑湿症状，或胃肠型感冒。蒲地蓝药物有清热解毒功效，兼具抗炎消肿作用，可用于治疗急性扁桃体炎、急性咽炎及疮疖毒肿等症。