男性生殖器两侧长痘痘很痒，首先建议用清水清洗干净，保持生殖器皮肤干爽、卫生。
其次，如果明确是生殖器皮肤感染引起，通常需要积极抗感染治疗。例如，用复方黄柏洗液清洗干净外生殖器，然后涂抹氯霉素软膏、红霉素软膏或者莫匹罗星软膏治疗。
再次，如果明确由于尖锐湿疣或者梅毒引起的生殖器官长痘痘伴瘙痒的情况，则建议应用青霉素类药物进行治疗。同时如果发现痘痘体积较大，容易出现破损，则建议选择激光手术的方法将痘痘去除。