任何的手术都有手术风险，做一个大腿截肢手术相较于其它手术的风险，主要表现为一个神经和血管及皮瓣方面的风险。
神经的风险主要是术中神经的处理，如果处理不好可能出现残端的神经瘤，日后可能会出现疼痛。血管如果术中结扎或缝扎不牢固的，可能导致术后的大出血危及生命。
如果骨骼去除的长度不够多，皮瓣缝合的张力大，日后容易出现皮瓣坏死。另外感染也是大腿截肢后的一个常见的一个风险，截肢术后许多患者表现为一个残端痛或者是幻肢痛、幻肢感。