甲状舌管囊肿舌骨切除后是有可能会复发的，是否会复发主要与术前感染状态、舌骨切除是否足够等因素有关。
如果在手术过程中未将感染的组织完全切除或者舌骨切除的不够，在术后是有可能会复发的，需要二次进行手术切除。二次手术进行切除时，采用的手术方法是Sistrunk手术，通过手术完全切除甲状舌管，上至舌骨上方的舌根以及周围的感染组织，可以有效的降低术后的复发率。
在术后还需定期到医院复查，以此来观察疾病的恢复情况。