扁桃体结石多由于长期扁桃体发炎，还有喜食辛辣、刺激性食物，从而导致扁桃体的分泌物无法排出体外，从而在扁桃体上的隐窝口处形成结石。经确诊的扁桃体结石，应在医院进行清理，较小的结石可在门诊处理，使用镊子夹出即可。如果较大的结石，还需要观察结石情况，如有可能造成创伤较大时，则需要到手术室进行清理。
有部分患者的扁桃体结石清理后还会反复出现，或者扁桃体结石范围较大，则依具体情况考虑扁桃体切除术，进行彻底根除。另外，清理完扁桃体结石以后，注意应辅助于抗感染治疗。