慢性反流性肾病治疗总体原则就是要控制尿液反流，消除或者控制感染，以及预防肾衰竭的发生。在治疗方面，主要是要注意个人卫生、多饮水、勤排尿，避免便秘。除此以外，还要长时间的、低剂量的抗生素治疗，也就是患者每天睡前排尿以后口服单剂量的抗生素，既可以选择复方新诺明、阿莫西林，也可以选择呋喃妥因或者头孢霉素。
如果患者有高血压的情况下，应当使用钙离子通道阻滞剂进行血压控制，也可以选择血管紧张素转化酶抑制剂，可以控制血压。另外，对于晚期患者还要采用低蛋白饮食疗法，减轻肾衰竭的进行性发展。对于儿童的严重反流性肾病，应当主张尽早手术治疗。