单纯的脐尿管囊肿一般不会引起并发症，只有当合并感染时才会引起一些并发症，比如排尿困难、腹痛、囊内出血等。
患者应当在医生指导下使用对乙酰氨基酚等药物进行治疗，能够有效地缓解疼痛感。还应积极地进行抗感染治疗，主要是使用头孢菌素类或青霉素类的药物进行静脉滴注，能够快速地将炎症消除，减轻囊肿的症状。
对于特别严重脐尿管囊肿，还可考虑进行手术治疗，比如腹腔镜下手术或者是传统的开腹手术。只要及时地进行治疗，大多数患者预后较好，不会留有后遗症。