嗓子疼、发烧多见于急性上呼吸道感染，常见的病原体为病毒，还有一些患者可由细菌感染导致。
如果存在急性扁桃体炎、急性咽喉炎、急性疱疹性咽峡炎、喉炎，都有可能会导致嗓子疼痛与发烧的现象，需要进一步完善血常规等检查。如果出现淋巴细胞增高、白细胞偏低或正常，可能与病毒性感染有关。若是出现中性粒细胞升高、白细胞升高，多数是细菌感染引起。
另外，流行性感冒也有可能会出现这种情况，主要是流感病毒侵入呼吸系统之后，在细胞当中不断复制并且释放大量毒素，因此也会出现发烧与嗓子疼痛的情况。