肺部真菌感染和肺炎的主要区别是：肺部真菌感染是由真菌侵入人体进入肺组织引起的感染性病变。肺炎是由真菌、细菌、病毒、支原体、衣原体、寄生虫等各种病原体侵入肺组织造成损伤而引起的肺炎改变。
由于引起病变发生的病原体不同，所以在患者出现病情发作时，需要针对病原体进行治疗。肺部真菌感染的患者可以使用两性霉素B、制霉菌素、氟康唑等抗真菌的药物治疗。细菌感染引起的肺炎可以使用哌拉西林、头孢哌酮等抗生素类药物治疗。病毒性肺炎可以使用利巴韦林、奥司他韦等抗病毒的药物治疗。