囊虫病的治疗首先要给予驱虫治疗，在给药物之前要对患者的病情进行评估，如果囊虫病处于活动期，就需要给予祛痰的药物治疗。
如果囊肿处于非活动期，或者囊肿发生了蜕变，就没有必要再给予驱虫的药物治疗。囊虫病可以发生在颅内，导致患者出现颅内压的升高，需要给予患者降低颅内压的药物治疗。对于局部症状明显的患者，还可以通过手术去除囊虫。
有些患者会表现为眼内的囊虫病，对于眼部的囊虫病，首选手术治疗为主。