病毒性肺炎其疗程长短不一，与患者的病情是有关的。对于轻症的病毒性肺炎，经过选择试用一些抗病毒药物，加强支持对症处理，大多数轻症病毒性肺炎在一到两周即可治愈。
但是，对于重症的病毒性肺炎，特别是近期暴发流行的新型肺炎，此些重症和危重的患者，其治疗时间多明显延长；因为患者病情危重，常常伴有多种并发症和器官的功能损害或衰竭。
患者在抗病毒和对症治疗的同时，多需要维护器官功能稳定，部分患者需要使用呼吸机辅助呼吸、血液滤过、体外膜肺等综合的治疗。故对于重症患者可能需要1-2个月的时间，甚至是更长时间；还有少数危重症患者，可以临床死亡。