儿童咽峡炎主要是对因对症用药。
儿童咽峡炎通常都是病毒感染导致，个别患者会合并细菌感染或支原体等感染。如果是单独因为病毒感染引起，主要是口服抗病毒药物，例如利巴韦林、阿昔洛韦等，也可以选择有清热解毒作用的中成药物。
如果儿童咽峡炎合并细菌感染，行针对性使用抗生素药物治疗。另外，儿童咽峡炎会引起咽痛、发热症状，咽痛可局部使用开喉剑喷剂，能缓解疼痛症状。如果是低烧可物理降温，如果体温超过38.5摄氏度时要及时口服退烧药。