肾积水的治疗原则首先是要解除梗阻，并且尽可能的保护肾功能，在制定治疗方案时，一定根据患者的病因，发病的缓急，有无感染，肾功能损害程度以及患者的年龄来综合考虑。
一、首先原因治疗，如果梗阻尚未引起严重的、不可恢复的病变，在去除病因以后可以获得比较良好的效果，手术的方法取决于病因的性质，比如先天性肾盂输尿管连接部的狭窄，可以做肾盂成形术，而输尿管结石可以先碎石或者取石术，这些手术也可以采用内镜下进行，术后肾积水及肾功能会有所改善。
二、如果患者感染严重、肾功能不全、少尿等情况下，应该在梗阻以上的部位行引流术，等到病情好转以后，再进行手术治疗。
三、肾切除术，如果肾积水严重，剩余的肾实质过少，严重感染，且对侧肾脏功能良好的情况下，可以切除病肾。