男性霉菌性尿道炎明确诊断后，给以针对霉菌敏感的抗生素，可以选择伊曲康唑药物口服，同时需要做好个体的卫生护理。换洗后的内裤，需要高温煮烫或是暴晒处理，可以避免反复发作，也有利于缩短治疗恢复时间。
治疗未愈的情况下暂不要同房，由于同房可能会导致性伴侣被感染霉菌。为了改善排尿不适症状，可以适当增加饮水量，改善排尿不适症状。
还需要忌口饮酒以及辣椒食物，由于燥辣类进食后，会加重尿道炎的炎性水肿，导致症状加重，也不利于治疗恢复。