1.尿道位置异常，位于阴茎背侧。
2.阴茎畸形，阴茎头扁而宽，呈铲状，阴茎背曲、短小，包皮背侧缺乏而腹侧堆积。
3.尿失禁，因后尿道前壁组织的缺损及尿道括约肌发育不全，约50%以上的尿道上裂病人有尿失禁。
4.性功能障碍，阴茎勃起时弯向背侧，并可伴随勃起剧烈疼痛，大多数不能性交。
5.耻骨联合分离，正常耻骨联合为软骨性连接，而尿道上裂耻骨联合分离变宽，左右耻骨之间仅有一些纤维组织相连。
6.女性尿道上裂，表现为阴蒂分裂、阴唇广泛分开、耻骨联合分离和尿失禁，并且常伴有尿路感染。