淋球菌感染与支原体感染的区别在于病原体的种类不同，造成的临床症状也不一样，后期的治疗也有明显的区别。
淋球菌感染主要是一种性传播疾病，是淋球菌为主要的病原体所造成的。而支原体感染引发的非淋菌性尿道炎，则主要是解脲脲原体或人形支原体感染而引发。
在临床症状上，淋球菌感染之后会引发排尿疼痛，尿道内部会出现大量的脓液。而支原体感染虽然也会引发排尿不适，但是尿道的分泌物要比较少，不会出现强烈的疼痛。
而治疗方面，淋球菌感染建议选择使用头孢类药物。而支原体感染建议选择使用四环素类的药物，进行治疗。