早上醒来就咳嗽的原因有很多，有可能存在慢性呼吸系统疾病而引起，例如慢性支气管炎、慢阻肺、支气管扩张。其晚间睡觉时支气管内有痰液积聚，早起时变化体位就有咳嗽、咳痰的症状。
部分长时间大量抽烟的人员，也可出现早上醒来咳嗽。对于有肺部感染，也可有睡醒就咳嗽，例如肺炎、肺结核。此外，哮喘多于晚间和清晨时好发，如果疾病未得到有效控制，早上醒来也可出现咳嗽的症状。
还有部分慢性咽喉炎患者，因晚间睡觉打鼾明显、张口呼吸，诱发其咽喉部不适感加重，而有早上起来就咳嗽的症状。