男性滴虫病的治疗方法主要通过选择抗生素进行抗炎治疗，轻症患者通过口服药物治疗，严重的可以静脉点滴抗生素。
临床上主要选择抗滴虫以及抗厌氧菌感染的抗生素，比如甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等药物。如果只是轻微的滴虫性的尿道炎，可以口服甲硝唑片进行抗炎治疗，在治疗期间多饮水，避免进行性生活。
有可能是和患有滴虫性阴道炎的女性进行性交，而造成了男性滴虫病感染。应该男女双方同时进行治疗，需要在双方身体健康的前提下进行性行为，才不会造成交叉感染。