原发性腹膜炎的致病菌是一些正常在人体内或者体表生存的细菌，比如大肠埃希菌、肺炎双球菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌和其他一些厌氧菌等。
在机体免疫力正常的时候，这些细菌会和人体和平共存，在免疫力低下的时候，比如晚期恶性肿瘤、经常做腹膜透析的尿毒症、艾滋病、肝硬化大量腹水这些患者中，细菌就会入侵到腹腔，从而导致原发性腹膜炎。
此外，女性的腹腔通过生殖道与外界相通，也有可能细菌入侵出现原发性腹膜炎。