急性尿道炎在急性期时，及时而有效正规的应用抗生素治疗，一般均可完全治愈，其预后一般较好。
但需要注意的是，急性尿道炎容易出现病情反复，所以不是只要症状消失，疾病就已经痊愈了。在治疗结束后，一般1~2周需复查，如果症状体征已经完全消失，并且在治疗结束后4~7天连续2次做分泌物涂片及细菌培养结果均为阴性，此时才可以考虑，急性尿道炎已完全治愈。
急性尿道炎如果治疗不及时或者不彻底，可以产生一系列并发症，比如不孕不育、尿道狭窄、女性盆腔炎等等。