直肠黏膜内脱垂的治疗方法，主要就是通过药物治疗，或者是通过手术的方法进行治疗。
内脱垂的药物治疗方法有包括肛管直肠内的用药，另外就是进行药物的注射治疗。特别是一些直肠黏膜内脱垂的患者，如果出现了粪便排出的困难，可以适当使用开塞露等药物进行诱导排便。还可以适当补充肠道益生菌，调理肠道的菌群，避免患者出现干燥的情况，防止加重内脱垂的症状。
另外，也可以考虑进行药物注射治疗，比较常用的就是芍倍注射液。还可以使用消痔灵注射液，注射用的药物可以使黏膜组织发生无菌性的坏死，进而起到一定的提拉效果。也可以在直视下进行内脱垂部分的结扎悬吊手术。