泌尿系结核治疗首选异烟肼、利福平等抗结核药物治疗。
由于该类药物针对结核杆菌敏感，病变局限、感染不重的泌尿系结核，足够疗程用药可达到治愈效果。由于结核感染导致泌尿系严重破坏，伴随输尿管狭窄、膀胱挛缩，导致泌尿道梗阻等严重并发症，在抗结核药物治疗的同时还需要手术方式治疗，解除泌尿道梗阻。
药物、手术治疗的同时还需要注意饮食结构多样化，适量增加肉类、蛋类等营养食材，有利于个体自身抗病免疫力提高，缩短泌尿系结核治疗恢复时间。