瘰疬分枝杆菌感染通常需要完善皮肤组织病理和细菌培养的检查。
从瘰疬分枝杆菌患者的皮肤病理中可以在真皮和部分皮下组织看到非特异性、慢性肉芽肿性的浸润，但是找不到干酪样坏死，经过染色可以从中发现抗酸杆菌。
通过获取分离物，对其进行培养，如果发现了瘰疬分枝杆菌则可以明确该病的诊断。
本病通常需要和孢子丝菌病、疣状皮肤结核、类丹毒和游泳池肉芽肿进行相鉴别。瘰疬分支杆菌的感染往往发生在四肢等暴露部位，有外伤史。
通过真菌培养、细菌培养等检查和其他的真菌感染性皮肤病，以及分支杆菌感染性皮肤病相鉴别。