先天性小眼球合并眼眶囊肿的并发症为视神经缺如。另外，临床除眼部异常以外，部分病例还会有其他部位的畸形，比如唇裂、头颅过小、狼咽、视束缺乏、外侧膝状、大脑白质少、脑膜或脑部膨出，泌尿系统以及心血管系统也可呈发育异常的状态。
临床治疗先天性小眼球合并眼眶囊肿是以手术切除为主，具体要根据患者的个人情况，如果患者眼球大小改变不是很明显，可以先注意观察，定期复查。
如果囊肿逐渐变大就要考虑手术切除囊肿，然后保留眼球，如果眼球逐渐缩小，且视力无光感，可以选择将眼球和囊肿都摘除。