黄曲霉素中毒后的后遗症，体现在对肝脏的不可逆损伤以及对胰腺的损伤等方面，慢性黄曲霉素中毒后，容易引发肝硬化，容易诱发肝癌和肠癌。
黄曲霉素中毒早期时，患者会腹胀、呕吐，会有亢进性的肠鸣。中毒严重者肝区会出现剧烈疼痛，皮肤出现黄染，诱发黄疸。临床可见患者腹腔存在积液，下肢出现水肿，还会引发肺水肿和消化道出血，严重者会昏迷甚至死亡。
黄曲霉素的致癌性非常高，目前并无特效药，临床治疗以保肝、护肝、护肾为主，需要为患者大剂量给予维C和维B，如有需要可以选用抗真菌药物。