新生儿脑梗的原因主要有三点。
第一，新生儿有红细胞增多症、血小板增多等导致动脉内血栓形成。这些血栓随着血流的运行，堵塞脑动脉形成脑梗死。
第二，新生儿如果有先天性心脏病、门静脉血栓、肾静脉血栓等，这些血栓如果脱落，随着血流的运行也会堵塞脑动脉，引起脑栓塞。
第三，新生儿的脑血管发育畸形。脑血管的发育畸形会导致缺血性改变。如果新生儿在出生时受到头外伤，会导致全脑的血管痉挛引起脑缺血，导致脑梗死。这种脑梗死叫外伤性脑梗死。
此外，新生儿在围产期缺氧、早产等都能引起脑部的缺血、缺氧，导致脑梗死。
另外还有25%-50％的新生儿脑梗发病原因不明。