患有巧克力囊肿也是可以生育的，因为有些人的巧克力囊肿是单侧的。如果对侧的卵巢是正常的，并不影响排卵，也是可以生育的，但是相对怀孕几率明显降低。
如果巧克力囊肿情况比较严重，可能会对怀孕产生影响，出现不孕不育等各种问题。巧克力囊肿发生之后会对卵巢功能产生影响，造成排卵障碍，而且还有可能会出现盆腔粘连等各种情况，因此出现巧克力囊肿之后需要根据病情对症治疗。
如果是比较小的巧克力囊肿，没有出现明显的症状表现，可以尝试怀孕，若能够正常怀孕就可以不必进行治疗，若巧克力囊肿比较严重，可以采取手术治疗或药物治疗。平时要注意预防，经期不能同房。