短膜壳绦虫病的确切潜伏期目前并不明确。
短膜壳绦虫病发病率较低，同时在被感染后，患者以隐性感染多见，在临床上没有明显临床不适症状，大多在免疫能力低下或者一般状态变差情况下，诱发急性症状。
所以，短膜壳绦虫病在出现典型临床症状前，体内已长期存在病原，其在体内存续时间不容易被明确判断。一般建议生活在短膜壳绦虫病流行地区人群，需要注意个人卫生工作，避免接触老鼠和节肢动物，并定期复查粪便常规。