甲状腺囊肿根据囊肿的大小以及性质决定是否手术切除。
如果囊肿较小，没有引起特殊的不适，在排除是恶性肿瘤之后，可以暂时观察，不做手术，每三个月到半年复查一次B超，动态观察囊肿的生长变化，如果有明显增大或恶变的可能，随时进行手术治疗。
手术进行甲状腺囊肿切除是目前首选的治疗方法，无论是良性的还是恶性的囊肿，都可以选择进行手术。手术中应注意保护好周围的神经，以及甲状旁腺，防止误损伤，出现难以挽回的后遗症。