先天性直肠肛管畸形术前准备是做好术前辅助检查，术前半小时应用抗生素预防感染。
先天性直肠肛管畸形是一种比较常见的消化道畸形，可能是由于遗传或者孕期接触有害化学物质引起，属于一种末端消化道的梗阻。因此一经确诊后，应及时手术治疗，以免危及新生儿生命。手术前应行常规的血液检查，评估患儿的身体状况，行B超以及磁共振等检查，明确肛管直肠畸形的类型，并依此制定手术方案。
此类手术属于疑似污染的手术，术前半小时到两小时应使用抗生素，预防术后感染。