肛瘘的患者是可以做肠镜检查的，肛瘘主要通过肛门指诊、造影、肛周磁共振检查，就可以确诊。
一般肛瘘的患者是不需要做肠镜检查的，如果有特殊的情况，如果患者经常有腹痛、腹泻，可以做肠镜检查，排除是否是克罗恩病和溃疡性结肠炎引起的。
临床有经验的医生通过做肛门指诊，可以对肛瘘做出初步的判断，如瘘管的位置、高低、瘘管的走向、内口的大体位置，然后再辅助瘘管造影检查、肛周磁共振检查，就可以确诊。肛周磁共振检查在临床有较高的参考价值，是肛瘘检查的金标准。