沙眼患者主要是通过裂隙灯显微镜和实验室检查来确诊。
在临床诊断中，沙眼患者在裂隙灯显微镜检查中可发现睑结膜出现乳头、滤泡增生，睑结膜有瘢痕，角膜缘出现滤泡，角膜有血管翳等特性。还需要联合实验室检查进一步确诊，通过涂片可以检测出衣原体的包涵体。该方法比较简单，主要适合于高危人群的进一步筛查。
还有沙眼衣原体检测的金标准，就是细胞培养法。这个对检查的要求比较高，需要具备一定的设备技术的条件。还可以通过分子生物学方法来检测。