预防子宫发育畸形主要是在孕期的时候，如果使用性激素药物就一定严格在医生的指导下给予用药。因为这些药物有可能会造成原始性腺分化、发育或者是内生殖器始基的融合，所以在临床上会导致子宫发育畸形的可能性。
并且也建议在孕前的时候一定要做好相关的健康检查，了解体内是否有感染导致胎儿畸形的病毒，了解肝功能、肾功能、性激素六项、甲状腺功能是否异常。然后再考虑怀孕，有利于优生优育。
另外，也建议在孕前考虑吃叶酸片，主要是预防胎儿神经管的畸形。所以，要想生一个健康的宝宝必须做全面的检查并且在孕期不要接触有毒、有害的气体或者物体。要戒烟、戒酒，要养成良好的生活习惯，才有利于胚胎正常生长和发育。