生殖细胞瘤的手术成功率，相较于一般普通的手术偏低。
颅内生殖细胞肿瘤病变的部位多位于脑组织的深部，手术切除肿瘤可能会对颅内组织、血管、神经等造成损伤，术后并发症多，也比较容易引起肿瘤细胞的扩散，手术风险较高。
虽然目前手术的死亡率已明显下降，但仍然可能会出现颅内生殖细胞瘤对放疗比较敏感，可行放射治疗，也可行同步放化疗。治疗方式的选择与患者的一般状况、肿瘤的部位、大小，与周围组织的关系等有关，需充分评估，综合治疗。