对肺囊腺瘤的最佳手术时间是有争议的，有些专家认为出生后如果有明显症状的就需要做急诊手术，对于没有明显症状的手术时间尚不明确。
还有部分专家认为，肺囊腺瘤手术最佳手术时间是在患者出生1个月后进行，因为这时患儿包括麻醉在内的手术风险会大大降低。当然也要符合手术的指征才可以进行手术，具体指征如：在出生以后患儿如果出现明显的呼吸道症状、肺部的反复感染和肿块恶变倾向等，这种情况往往是需要考虑进行手术的。
因为患者在今后的发育中，肺组织也是促进患者发育的重要因素。如果肺组织出现问题，会严重影响今后患者的成长。