动脉瘤样骨囊肿是一种瘤样病变，其性质是良性的，还是恶性的，目前还是存在着争议。
有些学者认为，动脉瘤样骨囊肿分为原发性的和继发性的。原发性的是由于骨质内的血液循环出现了异常，导致血窦的异常生长，产生的改变。继发性的就是继发于骨质的其他疾病。
良性肿瘤常见的比如骨巨细胞瘤，恶性的常见的比如骨母细胞瘤、骨肉瘤、恶性纤维组织瘤等，都可以产生动脉瘤样骨囊肿的病理改变。有些学者就认为，所有的动脉瘤样骨囊肿都是继发性的，那些没有找到原发疾病的，不是没有原发疾病，只是没有进行明确诊断。
所以，他们认为动脉瘤样骨囊肿的性质，要看原发疾病的性质。目前来看，动脉瘤样骨囊肿具有比较高的复发几率，同时也常常合并有骨质的良、恶性肿瘤，所以性质并不确定。