多脏器功能衰竭的治疗，包括原发病因的治疗和器官功能支持两个方面，控制原发病是治疗关键。
如对感染严重的患者，应该给予两联以上敏感的抗生素使用。对于创伤的患者应该进行早期清创，一期缝合、包扎，引流分泌物。对休克的患者尽快地补液、改善组织灌注。
在器官功能支持方面主要是包括维持酸碱平衡、纠正组织的缺氧、维持机体各器官的灌注，给予相应的呼吸和代谢支持，比如呼吸机的应用、血液透析治疗方法的使用等。在对患者的救治过程当中，对受损的器官进行相应的治疗，更应该重视的是避免损害其他的脏器。