抗生素治疗骨髓炎会有副作用。任何抗生素应用到临床之前，必须经过药理实验及毒理实验。
所有抗生素说明书必须载有副作用，常见的副作用包括恶心、呕吐、腹泻、腹痛、皮疹、过敏、伪膜性肠炎、菌群失调、白细胞减少、血小板减少、中性粒细胞减少、肝肾功能损伤等。
骨髓炎的治疗离不开抗生素，但是不能仅仅依赖于抗生素治疗。抗生素的治疗周期是静滴2周，口服4周。同时结合外科手术治疗，包括死骨的清除、彻底清创、闭合创面、充分引流、开放植骨等。