胰胆管合流异常综合征是可以完全治愈的，因为胰胆管合流异常综合征是一种先天性的畸形，只要手术纠正就可以治愈。
所谓的合流异常就是由于先天发育出现异常，导致了胰胆管的汇合部不是在正常的十二指肠乳头部，而是跑到了肠壁外，这样就会使得胰液进入胆总管，刺激胆总管形成炎症，损伤管壁的弹性，最后胆总管扩张反流进入胆囊，形成胆囊炎。同样的胰液也可能反流去胰腺，损伤胰腺。
这时候只要通过手术纠正畸形，将胆汁和胰液往肠道正常引流即可，同时切除扩张的胆总管避免癌变。