小儿腹泻的危害有很多，短期腹泻影响肠道的功能，影响食欲。长期腹泻会影响营养的吸收，造成营养不良。
小儿急性腹泻短期内会造成孩子腹痛，影响食欲、影响睡眠，孩子可能会哭闹。另外，腹泻会伴有脱水，可能会产生精神不振、食欲不振。严重的也可能出现昏迷、抽搐，所以需要及时治疗。
长期的腹泻或者慢性的腹泻，会造成孩子营养吸收的障碍，可能会出现体重下降、贫血和各种营养素的缺乏，比如缺钙、缺锌，会进一步地影响到身体的各个方面的生长发育，以及身高、智力等远期的影响。