致病菌感染引起的龟头疼痛可以吃消炎药，明确大肠杆菌导致的感染，可服用喹诺酮类抗生素药物消炎。
滴虫感染引起龟头炎性疼痛，可服用甲硝唑等药物，龟头局部还可用淡盐水、温热水交替清洗。也可用药物洗液清洗，将炎性分泌物清洗掉，不利于致病菌滋生繁殖，有利于缓解龟头疼痛，同时也可缩短龟头炎治疗恢复时间。
龟头部位分泌物检查提示真菌感染引起龟头疼痛，可服用伊曲康唑药物消炎治疗。为了防止龟头炎疼痛反复发生，消炎药物治疗要规律服药，需要坚持服用两周。