肥厚型心肌病是会有并发症的，常见的并发症有以下方面：
第一，心律失常，比如心房颤动以及室性心动过速或者心室颤动，这些心律失常是肥厚型心肌病最常见的心律失常并发症，尤其是心室颤动现象，往往是导致肥厚型心肌病患者死亡的常见原因。
第二，心力衰竭，肥厚型心肌病患者，心室的舒张功能往往严重受限，同时肥厚性心肌病心脏泵血常常也会明显减少，从而容易出现心力衰竭的现象反复发生，导致呼吸困难症状发作。
此外，少部分肥厚型心肌病患者也有可能合并血栓形成并发症。